gzip、zip、bzip2コマンドでの圧縮率、リソースの消費量、圧縮にかかる時間を計測してきましたが、いかがでしょうか？
ここからは、各コマンドの圧縮レベルから圧縮サイズ、圧縮率、時間、CPU使用率毎でまとめました。

 
 
まずは圧縮サイズからです。

圧縮レベル	gzip	zip	bzip2
1	126038484	126038632	90692210
2	118905404	118905552	49841245
3	113818251	113818399	36671367
4	23586514	23586662	27467839
5	17763198	17763346	23749568
6	10029486	10029634	19887689
7	9967614	9967762	18052744
8	9571860	9572008	15120684
9	9571860	9572008	14208822

gzip、zipはあまり差が見受けられませんでしたが、bzip2は圧縮レベルが低くても十分と言えるくらいの圧縮率を出していますが、圧縮レベル4、5あたりから横に並び、最終的には、gzip、zipの方が高い圧縮率になりました。
 
 
次は圧縮率です。

圧縮レベル	gzip	zip	bzip2
1	91.0%	91.0%	93.5%
2	91.5%	91.5%	96.4%
3	91.9%	91.8%	97.4%
4	98.3%	98.3%	98.0%
5	98.7%	98.7%	98.3%
6	99.3%	99.3%	98.6%
7	99.3%	99.3%	98.7%
8	99.3%	99.3%	98.9%
9	99.3%	99.3%	99.0%

こちらも圧縮サイズと同様ですね。
 
 
かかった時間です。

圧縮レベル	gzip	zip	bzip2
1	18s	18s	161s
2	15s	20s	189s
3	15s	18s	229s
4	10s	10s	381s
5	11s	10s	534s
6	11s	11s	529s
7	12s	10s	534s
8	11s	11s	539s
9	11s	10s	546s

gzipやzipはさほど時間がかからなかったのに対して、bzip2はかなり時間がかかりました。
1CPUを占有していたからかもしれませんが、圧縮レベル4以降では、かなりの時間がかかっています。
これだけの時間がかかってしまうと実用的には不向きですね。
 
 
CPUの使用率です。

圧縮レベル	gzip	zip	bzip2
1	30.3%	27.6%	50.6%
2	34.4%	25.6%	50.7%
3	35.8%	28.9%	51.2%
4	40.8%	40.8%	50.0%
5	40.5%	39.9%	50.3%
6	40.4%	43.2%	51.0%
7	39.1%	39.8%	51.8%
8	43.6%	44.8%	51.3%
9	40.8%	40.6%	51.2%

gzip、zipでは、圧縮レベルに合わせてCPUの使用率も上がってます。
こちらは圧縮レベル4以降からは、使用率に変化があまりない状態です。
bzip2は2CPU中1CPUのリソースを全て使い切っているため、50%前後を推移しています。
 
 
いかがでしたでしょうか？
今までの結果から、圧縮するコマンドでオススメなのは、gzip、zipかなと思います。
bzip2は時間やリソースの関係からあまりオススメできないなと思います。

SOOOTAがよく使うのは、gzipです。tarと組み合わせて使えば、ディレクトリ毎の圧縮もできますし、何より昔から使っているので、馴染みがあります。

圧縮したり解凍する時に非常に大事なのは、サーバのリソース消費量をよく考えて使うことが大事です。
リソースを大きく消費することで、サーバ側の速度低下の原因にもなります。使うときはdstatなどでリソースを監視するなど、負荷に十分に気をつけて行いましょう！
 
 

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